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邵振談“高等生物里的表觀遺傳調控”
  • 發布時間:2020-01-09
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  • 邵禎回答問題(圖片李慶斌)

    南湖網新聞(記者張小姐)12月26日,中國科學院上海生命科學研究所計算生物學研究所研究員邵禎參觀了我們的水產品論壇,并發表了題為“高等生物表觀遺傳調控”的報告。李琳教授、徐震教授、陳天生教授、董志強教授、張敏教授、陳夏震教授等60名師生參加了講座。該報告由漁業大學遺傳育種系的劉夏靜教授主持。

    在報告開始時,邵禎介紹了他的主要研究方向:基因表達調控和表觀基因組學。

    在染色質結合蛋白的細胞類型特異性調節功能中,他和他的合作者發現比較來自不同細胞類型的芯片序列數據對于理解細胞類型特異性基因的轉錄調節至關重要。在用于定量比較兩個芯片序列樣本的馬諾姆模型中,描述了比較樣本之間每個結合位點的信號強度的變化率和統計顯著性,他使用經典的M-A圖來表征兩個樣本之間芯片序列信號強度(log2-讀取密度,log2(R))之間的變化,直接分析(M, a)標準化值的基本思想是使用樣本共享的結合位點構建標準化樣本信號強度的參考模型,然后外推并應用于所有結合位點,并進一步擴展到用于定量比較兩組ChIP-seq樣本的MAnorm2模型(每組是同一實驗的生物重復)。 基于組蛋白修飾或染色質發育程度和轉錄因子結合的定量分析,更可信地描述比較樣品之間每個結合位點的信號強度的定量差異以及細胞間差異之間的相關性,并探索潛在細胞類型特異性調節因子的MAnotif模型?;谌祟惡托∈笈咛ジ杉毎嗄芎诵恼{節網絡進化差異的跨物種比較,這可用于尋找人類特異性早期胚胎發育調節因子。

    接下來,通過圍繞ChIP-seq數據、轉錄組數據和蛋白質組數據的多組整合分析,分析了細胞類型特異性增強子元件的功能、表觀調控因子和細胞類型特異性轉錄因子之間的相互作用、表觀調控復合物的細胞類型特異性構型以及細胞類型特異性的主要調控因子。通過比較兩組定量蛋白質組的數據,發現了豐度發生顯著變化的蛋白質圖譜模型。通過分析在紅細胞發育和艾滋病毒感染t細胞期間蛋白質水平上基因表達的變化,發現許多重要的基因途徑和轉錄因子在這些過程中僅在蛋白質水平上顯示基因翻譯的表達和組織特異性調節機制的顯著變化。

    點評:劉夏靜

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